靶向代谢组学则是对一组特定的化合物进行检测，通过使用内标，可以对化合物进行定量或者半定量分析。该方法对某一代谢通路上代谢物进行分析，可以帮助我们了解参与代谢的大量的酶以及动力学过程，最终揭示它们在特定代谢通路上的作用，从而对该通路有更进一步的认识。
靶向代谢组学是按照代谢组学的原理和思路，只对有限的几个或几类与生物学事件相关的代谢物进行分析和研究的方法。通常是在非靶向代谢组学发现差异代谢物之后，再利用靶向代谢组学进一步系统确证，靶向代谢组学线性范围宽，具有较好的重复性和敏感性，代谢物确证简单；但需事先了解被分析物质的相关信息，是一种有偏向的代谢组学分析。
靶向代谢组学使用仪器
靶向代谢组学主要使用三重四极杆质谱仪，包括液质联用仪(LC-MS)、气质联用仪(GC-MS)等，串联质谱具有灵敏度高，分离效果好，重现性好等优点。
靶向代谢组学检测项目
38种脂肪酸检测、短链脂肪酸检测、氨基酸检测、花青素检测、植物激素检测、维生素检测、生物胺检测、胆汁酸检测、黄酮类物质检测、胡萝卜素检测、酚酸类物质检测、杂环胺检测、人参皂苷检测、神经递质检测等
